Publikationen

Inferring cell division kinetics in Chlamydomonas reinhardtii from flow cytometry with Gaussian process regression. / Busschaert, Michiel; Schagerl, Michael ; Griebler, Christian et al.
in: Bioresource Technology, Band 443, 133835, 03.2026.

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Benchmarking Variant Calling Algorithms for the Analysis of Genomic Data in Panel Sequencing. / Novotny, Jiri; Schwarzerova, Jana; Neuwirthova, Jana et al.
Bioinformatics and Biomedical Engineering - 12th International Conference, IWBBIO 2025, Proceedings. Hrsg. / Ignacio Rojas; Francisco Ortuño; Fernando Rojas Ruiz; Luis Javier Herrera; Juan José Escobar; Olga Valenzuela. Springer Science and Business Media Deutschland GmbH, 2026. S. 73-84 (Lecture Notes in Computer Science, Band 16051 LNCS).

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Cellular Responses of Maize Roots to Long-Term Cadmium Exposure: Adjustments of Class III Peroxidases, Plasma Membrane and Tonoplast Sub-Proteomes. / Lüthje, Sabine; Gül Yilmaz, Ayse; Ramanathan, Kalaivani et al.
in: Proteomes, Band 14, Nr. 1, 2026, S. 11.

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Computational epitope heterogeneity analysis in immunostainings from antibody-dilution series. / Tschimmel, Dominik; Saeed, Momina; Milani, Maria et al.
in: Communications Biology, Band 9, Nr. 1, 238, 2026.

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CyberKnife and Data Mining: Exploring Opportunities for Clinical Advancements. / Schwarzerova, Jana (Korresp. Autor*in); Stefek, Libor; Simpach, Jiri et al.
Bioinformatics and Biomedical Engineering - 12th International Conference, IWBBIO 2025, Proceedings. Hrsg. / Ignacio Rojas; Francisco Ortuño; Fernando Rojas Ruiz; Luis Javier Herrera; Juan José Escobar; Olga Valenzuela. Springer Science and Business Media Deutschland GmbH, 2026. S. 219-229 (Lecture Notes in Computer Science, Band 16051 LNCS).

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Metabolomic Predictions via SOM: A Cold-Stress Case Study in Arabidopsis thaliana. / Schwarzerova, Jana; Volna, Eva; Waldherr, Steffen et al.
Bioinformatics and Biomedical Engineering - 12th International Conference, IWBBIO 2025, Proceedings. Hrsg. / Ignacio Rojas; Francisco Ortuño; Fernando Rojas Ruiz; Luis Javier Herrera; Juan José Escobar; Olga Valenzuela. Springer Science and Business Media Deutschland GmbH, 2026. S. 322-333 (Lecture Notes in Computer Science, Band 16051 LNCS).

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Network-based multiomics and transgenic validation reveal that OsPHR3 modulates phosphate-carbon metabolic trade-offs during rice seed development. / Pazhamala, Lekha; Pandey, Mandavi; Deveshwar, Priyanka et al.
in: Plant Physiology and Biochemistry, Band 231, 22.12.2025, S. 110981.

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Seed metabolites headstart haustoriogenesis and potentiate aggressiveness of parasitic weeds. / Brun, Guillaume; Schindler, Florian; Bouyrakhen, Amal et al.
in: Science Advances, Band 11, Nr. 50, 12.12.2025, S. 1-13.

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With or without a Ca2+ signal? a proteomics approach toward Ca2+-dependent and -independent changes in response to oxidative stress in Arabidopsis thaliana. / van Dieren, Annelotte; Bittner, Andras; Wurzinger, Bernhard et al.
in: Planta, Band 263, Nr. 1, 23, 05.12.2025.

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MCL1 modulates mTORC1 signaling to promote bioenergetics and tumorigenesis. / Gui, Wentao; Paral, Petr; Dhamija, Bhavuk et al.
in: Nature Communications, Band 16, Nr. 1, 10841, 01.12.2025.

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Machine learning and data-driven inverse modeling of metabolomics unveil key processes of active aging. / Li, Jiahang; Brenner, Martin ; Pierides, Iro et al.
in: Npj systems biology and applications, Band 11, Nr. 1, 103, 12.2025.

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Natural variation of the wheat root exudate metabolome and its influence on biological nitrification inhibition activity. / Ghatak, Arindam; Kanellopoulos, Alexandros E; López-Hidalgo, Cristina et al.
in: Plant Biotechnology Journal, Band 23, Nr. 11, 11.2025, S. 4755-4772.

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Procyanidin A1 and its digestive products inhibit acrylamide-induced IPEC-J2 cell damage: apoptosis and cell cycle arrest. / Yan, Fangfang; Quin, Si; Wang, Chengmin et al.
in: Food Science and Human Wellness, Band 14, Nr. 11, 9250272, 11.2025.

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Metabolic response of a chemolithoautotrophic archaeon to carbon limitation. / Hodgskiss, Logan H (Korresp. Autor*in); Kerou, Melina ; Luo, Zhen-Hao et al.
in: mSystems, Band 10, Nr. 10, e0073225, 22.10.2025, S. 1-20.

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Metabolic characteristics of catechin (monomeric flavan-3-ols), B-type linkage flavan-3-ols and A-type linkage flavan-3-ols revealed by un-targeted and targeted metabolomics. / Liu, Ruonan; Chen, Wanbing; Lu, Qun et al.
in: Food Research International, Band 217, 116357, 10.2025.

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Best practices and tools in R and Python for statistical processing and visualization of lipidomics and metabolomics data. / Idkowiak, Jakub; Dehairs, Jonas; Schwarzerová, Jana et al.
in: Nature Communications, Band 16, Nr. 1, 8714, 30.09.2025.

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Hesperetin Protects from Palmitic-Acid-Induced Lipotoxicity through the Inhibition of Glutaminolysis, mTORC1 Signaling, and Limited Apoptosis. / Li, Wan; Cai, Zhengnan; Schindler, Florian et al.
in: Journal of Agricultural and Food Chemistry, Band 73, Nr. 35, 03.09.2025, S. 21932-21946.

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From the shoot to the rhizosphere: The short-term cascade impact of aerial microplastic. / Bouaicha, Oussama; Trevisan, Fabio; Tiziani, Raphael et al.
in: Environmental and Experimental Botany, Band 237, 106222, 09.2025.

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Natural variation of the holobiont for sustainable agroecosystems. / Weckwerth, Wolfram (Korresp. Autor*in); Chaturvedi, Palak ; Ghatak, Arindam et al.
in: Trends in Plant Science, Band 30, Nr. 9, 09.2025.

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Microautophagy in cereal grains: protein storage or degradation? / Plott, Stefan; Dagdas, Yasin; Ibl, Verena (Korresp. Autor*in).
in: Trends in Plant Science, Band 30, Nr. 7, 07.2025, S. 736-744.

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