Publikationen

A metabolic model of the leaf-associated bacterium Paraburkholderia dioscoreae links the ethylene precursor ACC to core carbon pathways. / Rolle, Pablo; Auricht, Hannah; Marcut, Andreea et al.
in: mSystems, 13.07.2026.

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Defiance of stable lysogeny reveals hidden infection dynamics of phage Lambda. / Broux, Kevin; Bäcker, Leonard E.; Oome, Dries et al.
in: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, Band 123, Nr. 25, e2600726123, 23.06.2026.

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Modelling the effect of antibody depletion for dose-response behavior of common immunostaining protocols. / Tschimmel, Dominik; Hucho, Tim; Waldherr, Steffen.
in: Journal of Mathematical Biology, Band 92, Nr. 6, 97, 06.2026.

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Clusia genomes shed light on the evolution and diversity of crassulacean acid metabolism physiotypes. / Kramml, Hannes M; Herpell, Johannes B; Priemer, Clara et al.
in: Nature Communications, Band 17, Nr. 1, 3937, 05.05.2026.

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Bioremediation of ozone-produced oxidants in marine RAS using Ulva ohnoi: benefits and impacts on seaweed physiology and associated microbiomes. / Weidlich, Sabine (Korresp. Autor*in); Priemer, Clara; Aires, Tania et al.
in: Journal of Applied Phycology, 20.04.2026.

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Kernel-DMD for multiome data integration and control. / Pierides, Iro; Kramml, Hannes M.; Waldherr, Steffen et al.
in: PLoS Computational Biology, Band 22, Nr. 3, 31.03.2026, S. 1-28.

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Divergent Transcriptional Architectures Beyond Core CAM Genes in Facultative and Constitutive CAM Species in Tillandsia L. / Groot-Crego, Clara; Saadain, Sarah; De La Harpe, Marylaure et al.
in: Molecular Ecology, Band 35, Nr. 6, e70313, 03.2026.

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Inferring cell division kinetics in Chlamydomonas reinhardtii from flow cytometry with Gaussian process regression. / Busschaert, Michiel; Schagerl, Michael ; Griebler, Christian et al.
in: Bioresource Technology, Band 443, 133835, 03.2026.

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Network-based multiomics and transgenic validation reveal that OsPHR3 modulates phosphate-carbon metabolic trade-offs during rice seed development. / Pazhamala, Lekha (Korresp. Autor*in); Pandey, Mandavi; Deveshwar, Priyanka et al.
in: Plant Physiology and Biochemistry, Band 231, 110981, 02.2026.

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Benchmarking Variant Calling Algorithms for the Analysis of Genomic Data in Panel Sequencing. / Novotny, Jiri; Schwarzerova, Jana; Neuwirthova, Jana et al.
Bioinformatics and Biomedical Engineering - 12th International Conference, IWBBIO 2025, Proceedings. Hrsg. / Ignacio Rojas; Francisco Ortuño; Fernando Rojas Ruiz; Luis Javier Herrera; Juan José Escobar; Olga Valenzuela. Springer Science and Business Media Deutschland GmbH, 2026. S. 73-84 (Lecture Notes in Computer Science, Band 16051 LNCS).

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Cellular Responses of Maize Roots to Long-Term Cadmium Exposure: Adjustments of Class III Peroxidases, Plasma Membrane and Tonoplast Sub-Proteomes. / Lüthje, Sabine; Gül Yilmaz, Ayse; Ramanathan, Kalaivani et al.
in: Proteomes, Band 14, Nr. 1, 2026, S. 11.

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Computational epitope heterogeneity analysis in immunostainings from antibody-dilution series. / Tschimmel, Dominik; Saeed, Momina; Milani, Maria et al.
in: Communications Biology, Band 9, Nr. 1, 238, 2026.

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CyberKnife and Data Mining: Exploring Opportunities for Clinical Advancements. / Schwarzerova, Jana (Korresp. Autor*in); Stefek, Libor; Simpach, Jiri et al.
Bioinformatics and Biomedical Engineering - 12th International Conference, IWBBIO 2025, Proceedings. Hrsg. / Ignacio Rojas; Francisco Ortuño; Fernando Rojas Ruiz; Luis Javier Herrera; Juan José Escobar; Olga Valenzuela. Springer Science and Business Media Deutschland GmbH, 2026. S. 219-229 (Lecture Notes in Computer Science, Band 16051 LNCS).

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Metabolomic Predictions via SOM: A Cold-Stress Case Study in Arabidopsis thaliana. / Schwarzerova, Jana; Volna, Eva; Waldherr, Steffen et al.
Bioinformatics and Biomedical Engineering - 12th International Conference, IWBBIO 2025, Proceedings. Hrsg. / Ignacio Rojas; Francisco Ortuño; Fernando Rojas Ruiz; Luis Javier Herrera; Juan José Escobar; Olga Valenzuela. Springer Science and Business Media Deutschland GmbH, 2026. S. 322-333 (Lecture Notes in Computer Science, Band 16051 LNCS).

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Seed metabolites headstart haustoriogenesis and potentiate aggressiveness of parasitic weeds. / Brun, Guillaume; Schindler, Florian; Bouyrakhen, Amal et al.
in: Science Advances, Band 11, Nr. 50, 12.12.2025, S. 1-13.

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With or without a Ca2+ signal? a proteomics approach toward Ca2+-dependent and -independent changes in response to oxidative stress in Arabidopsis thaliana. / van Dieren, Annelotte; Bittner, Andras; Wurzinger, Bernhard et al.
in: Planta, Band 263, Nr. 1, 23, 05.12.2025.

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MCL1 modulates mTORC1 signaling to promote bioenergetics and tumorigenesis. / Gui, Wentao; Paral, Petr; Dhamija, Bhavuk et al.
in: Nature Communications, Band 16, Nr. 1, 10841, 01.12.2025.

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Machine learning and data-driven inverse modeling of metabolomics unveil key processes of active aging. / Li, Jiahang; Brenner, Martin; Pierides, Iro et al.
in: Npj systems biology and applications, Band 11, Nr. 1, 103, 12.2025.

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Natural variation of the wheat root exudate metabolome and its influence on biological nitrification inhibition activity. / Ghatak, Arindam; Kanellopoulos, Alexandros E; López-Hidalgo, Cristina et al.
in: Plant Biotechnology Journal, Band 23, Nr. 11, 11.2025, S. 4755-4772.

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Procyanidin A1 and its digestive products inhibit acrylamide-induced IPEC-J2 cell damage: apoptosis and cell cycle arrest. / Yan, Fangfang; Quin, Si; Wang, Chengmin et al.
in: Food Science and Human Wellness, Band 14, Nr. 11, 9250272, 11.2025.

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