Lebenslauf kurz

Wolfram Weckwerth integriert systemtheoretische Ideen mit molekularer Analyse im Genommaßstab unter Verwendung von Genomik, Transkriptomik, Proteomik und Metabolomik, um die Genotyp-Umwelt-Phänotyp-Beziehung (GxExP) zu verstehen und vorherzusagen. Er untersucht pflanzliche, mikrobielle, tierische und menschliche Systeme.

Wolfram Weckwerth ist seit 2000 auf dem Gebiet der Metabolomik tätig und hat für das GOFORSYS-Programm des Bundesministeriums für Bildung und Forschung (BMBF) Metabolomik-, Proteomik- und Phosphoproteomik-Plattformen am Max-Planck-Institut für Molekulare Pflanzenphysiologie in Potsdam aufgebaut. , Deutschland, und zuletzt an der Universität Wien, Österreich. Im Jahr 2008 wechselte Wolfram Weckwerth als ordentlicher Professor an die Universität Wien und gründete die Abteilung für Molekulare Systembiologie (MOSYS). Seit 2013 ist er Leiter der neu gegründeten Abteilung für Ökogenomik und Systembiologie, die ökosystemische Ansätze mit Hochdurchsatztechnologien wie Genomik, Proteomik und Metabolomik kombiniert.

Seit 2015 ist Wolfram Weckwerth Gründungsvorsitzender des Vienna Metabolomics Center (VIME). VIME integriert angewandte Themen aus umweltbezogenen, biotechnologischen und biomedizinischen Forschungsfragen (weitere Informationen finden Sie unter http://metabolomics.univie.ac.at/). Ein weiterer Schwerpunkt liegt auf angewandten biomedizinischen Ansätzen wie Alzheimer, GDM, Autoimmunerkrankungen, Alterung und dem menschlichen Mikrobiom (siehe http://metabolomics.univie.ac.at/vime-research-projects/). Im Rahmen von VIME liegt ein Schwerpunkt auf Algorithmen zur Datenverarbeitung und -integration, biochemischer Interpretation, Strukturaufklärung unbekannter Metaboliten sowie Metabolomics/Life-Science-Datenbanken.

Das Weckwerth-Labor entwickelt genomweite Metabolomik- und Proteomik-/Phosphoproteomik-Technologien als elementare Techniken der Systembiologie. Die weitere Forschung umfasst Datenintegrationsstrategien durch die Kombination experimenteller Ansätze mit multivariater Statistik, Mustererkennung und Modellierung des Stoffwechsels. Das Weckwerth-Labor hat die biochemische Jacobi-Funktion mithilfe eines inversen Modellierungsansatzes aus Metabolomics-Daten gelöst. Dieser Ansatz kombiniert statistische Merkmale von Metabolomics-Daten mit metabolischer Rekonstruktion und Vorhersage aus Genomsequenzen und variablen Genotypen und etabliert somit die systematische Analyse der Genotyp-Umwelt-Phänotyp-Beziehung. Das Weckwerth-Labor wendet diese Konzepte in den Bereichen Ökologie, Evolution und Entwicklung sowie Biotechnologie im Rahmen der „Grünen Systembiologie“ an.

Curriculum Vitae

1994 Diplom in Chemie, Institut für Molekularbiologie und Biochemie, Technische Universität Berlin, Deutschland.
1998 Promotion in Biochemie, Institut für Molekularbiologie und Biochemie, Technische Universität Berlin, Deutschland.
2000 Postdoc am Max-Planck-Institut für Molekulare Pflanzenphysiologie, Abteilung Lothar Willmitzer, Potsdam, Deutschland.
2002 Forschungsgruppenleiter am Max-Planck-Institut für Molekulare Pflanzenphysiologie, Abteilung Mark Stitt, Potsdam, Deutschland.
2007 Habilitation in Molekularer Pflanzenphysiologie und Systembiologie, Lehrbeauftragter für Systembiologie, Universität Potsdam, Deutschland.
2007 Leiter des Central Infrastructure Systems Biology Lab, GOFORSYS, Universität Potsdam, Deutschland.
2006 – 2007 Angebote auf eine Professur am Department of Plant Biology der Michigan State University, USA und auf eine Professur an der Universität Wien, Österreich.
since 2008 Seit 2008 – Ordentlicher Professor und Gründungsvorsitzender der Abteilung für Molekulare Systembiologie (MOSYS) an der Universität Wien, Österreich.
since 2013 Seit 2013 – Leiter der neu gegründeten Abteilung für Ökogenomik und Systembiologie (ECOSYS), die eine komplette PANOMICS-Plattform von Next-Generation-Sequenzierung, Proteomik, Metabolomik bis hin zur Stoffwechselmodellierung im Genommaßstab umfasst.
since 2015 Seit 2015 – Gründungsvorsitzender des Vienna Metabolomics Center (VIME) an der Universität Wien, Österreich
2016 Angebot für einen Lehrstuhl für Metabolomik und Synthetische Biologie an der University of Liverpool, Großbritannien

Forschungsinteresse

  • Anwendung systemtheoretischer Konzepte in der molekularen Analyse im Genommaßstab, der Datenintegration und der funktionalen Interpretation
  • Entwicklung genomweiter Metabolomik- und Proteomik-/Phosphoproteomik-Technologien als elementare Techniken der Systembiologie, Hochdurchsatzprofilierung (HTP) in der Systembiologie, Datenintegration; Kombination experimenteller Ansätze mit multivariater Statistik, Mustererkennung und Modellierung des Stoffwechsels: „Entstehung“ bei Pflanzen, Tieren und Mikroben.
  • Entwicklung theoretischer Modelle auf Basis multivariater Statistik zur biologischen Interpretation von HTP-Daten, Berechnung der biochemischen Regulation – des „differentiellen Jacobi“ – aus HTP-Daten.
  • Wechselwirkung zwischen pflanzlichem Genotyp und Phänotyp; Pflanzenphänotypische Plastizität einschließlich Stress, Wachstum, Entwicklungs- und Ernährungsphysiologie.
  • Personalisierte Medizin: Metabolomische und proteomische Analyse von Bioflüssigkeiten, Datenintegration und menschliche Physiologie.
  • Metabolomik und Proteomik – unterstützte Genomannotation und Rekonstruktion genomweiter metabolischer und regulatorischer Netzwerke in pflanzlichen, mikrobiellen und anderen Modellsystemen wie Arabidopsis thaliana (Zweikeimblättrige), Chlamydomonas reinhardtii (Grünalge), Medicago truncatula (Hülsenfrucht) und anderen, Anwendungen der Metabolomik und Proteomik für nicht sequenzierte Arten wie Tomaten, Kartoffeln, Pflanzengemeinschaften, Mikrobiome usw.
  • Datenbanken, Datenmanagement und Data Mining.

Auszeichnungen, Stipendien, berufliche Aufgaben und Funktionen

  • Vorsitzender des Vienna Metabolomics Center (VIME) Vienna Metabolomics Center (VIME).
  • Gründungs-Chefredakteur von Frontiers Metabolomics  Frontiers Metabolomics.
  • Vorsitzender des MASC Multi-National Arabidopsis Steering Committee, Gründungsvorsitzender und Co-Vorsitzender der Unterausschüsse für Proteomik und Metabolomik (MASCP; MASCPM).
  • Wissenschaftlicher Beirat der Österreichischen Gesellschaft für Analytische Chemie (ASAC).
  • Wissenschaftlicher Beirat der Österreichischen Proteomik-Gesellschaft  AUPA.
  • Gründungsmitglied und europäischer Koordinator von INPPO (International Plant Proteomics Organization) INPPO.
  • Wissenschaftlicher Beirat  Czech Globe.
  • Wissenschaftlicher Beirat “Open Science”, Wien, Österreich.
  • Wissenschaftlicher Beirat  Gregor-Mendel-Society.
  • Mitglied des International Pearl Millet Genome Sequencing Consortium (IPMGSC), ICRISAT, Hyderabad, Indien  IPMGSC.
  • Redaktion des Journal of Personalized Medicine, Current Metabolomics, Plant and Cell Physiology, Frontiers in Plant Sciences
  • Österreichischer Vertreter der European Plant Proteomics COST action 2008
  • AIST-Fellow (Advanced Industrial Science and Technology, Tsukuba, Japan)
  • Weitere Beiräte: NATO Science Series I: Life and Behavioural Sciences 2004 Genomics for Biosafety in Plant Biotechnology, Sofia 2004; European Systems Biology (EUSYSBIO) Foresight Workshop, Heidelberg, 2005; Dynamics of Aquatic Chemical Ecology, Wilhelmshaven, 2006; Experimentelle und theoretische Metabolomforschung - metabolische Netze, Köln, 2006; Steering Committee of the systems biology programme GoFORSYS; BMBF call Systems Biology, Berlin 2008, 2011, 2013, Advisory Board for the BIOECONOMY POF program of the Helmholtz Society, Germany in 2014.Scientific Advisory board Malaysian Oil Palm Board; Kuala Lumpur 2015
  • Herausgeber der ersten Ausgabe  “Metabolomics: Methods and Protocols”, in der Reihe “Methods in Molcular Biology”, Humana Press 2007
  • Herausgeber des The Handbook of Plant Metabolomics, Wiley 2013
  • Herausgeber des Metabolomics in Practice: Successful Strategies to Generate and Analyze Metabolic Data, Wiley 2013
  • Drittmittel insgesamt (und Labor Weckwerth) seit 2002: 26 Millionen EURO (Labor Weckwerth: 7,77 Millionen EURO)
  • Eingeladene Vorträge (Auswahl von mehr als 100 eingeladenen Vorträgen seit 2002): Plenarvortrag auf der International Metabolomics Conference 2013, Glasgow, Scotland; Keynote Lecture at the Conference of the Phytochemical Society of North America 2013, Corvallis, Oregon, USA; Keynote Lecture at the HUPO 2014 Madrid, Spain; Keynote Lecture at the EUROANALYSIS 2015, Bordeaux, France; Keynote Lecture at the Gordon Research Conference Signalling 2015, Hongkong; Plenary Lecture at the Conference of the Austrian Society of Molecular Biotechnology 2015, Salzburg, Austria, uvm
  • Regelmäßige eingeladene Gutachteraktivitäten für die folgenden Zeitschriften: Analytical & Bioanalytical Chemistry, Amino Acids, Analytical Biochemistry, Analytical Chemistry, Angewandte Chemie, Bioessays, Bioinformatics, Biotechnology Progress, BMC Bioinformatics, BMC Plant Biology, BMC Systems Biology, Drug Discovery, Electrophoresis, Febs Letters, Frontiers, Journal of Chemometrics, Journal of Mass Spectrometry, Journal of Plant Growth Regulation, Journal of Proteome Research, Journal of Proteomics, Journal of Experimental Botany, Molecular Biosystems, Molecular & Cellular Proteomics, Metabolomics, Molecular Systems Biology, Nucleic Acids Research, Nature, Nature Biotechnology, Nature Methods, Nature Protocols, Nature Reviews, Nature Communications, Plant & Cell and Environment, Phytochemistry, Plant Cell, Plant Ecology and Diversity, Plant Journal, Plant Methods, Plant Physiology, Planta, PLOS, Proteomics, Rapid Communications of Mass Spectrometry, Science und andere.

Konferenzorganisation

  • Organisation des Austrian Proteomics and Metabolomics Research Symposium 2018
  • Organisation der International Conference on Arabidopsis Research, ICAR 2012, Vienna, Austria
  • Initiierung und Organisation der ersten  International Metabolomics Conference Austria, InMetA held 2010 and 2014 in Vienna, Austria
  • Organisation des  MASC-Proteomics Workshop in Beijing, China, International Arabidopsis Conference 2007, 2009