Datenbanken

ProMEX

ProMEX ist eine Massenspektralbibliothek, die aus tryptischen Peptidprodukt-Ionenspektren besteht, die durch Flüssigkeitschromatographie in Verbindung mit Ionenfallen-Massenspektrometrie (LC-ITMS) generiert wurden, und wurde unter Verwendung von Protein- und Phosphoproteinproben entwickelt, die von Arabidopsis thaliana, Chlamydomonas reinhardtii, Medicago truncatula, Solanum tuberosum, Solanum stammen lycopersicum L. und andere. Die Datenbank dient als Referenz und kann zur Proteinidentifizierung in uncharakterisierten Proben verwendet werden. Die Proteinidentifizierung durch ProMEX ist mit anderen molekularen Ebenen der biologischen Organisation wie Metaboliten-, Signalwegs- und Transkriptdaten verknüpft. Proteine ​​sind auch mit funktionaler Annotation in der UNIPROT-Wissensdatenbank verknüpft. Die Datenbank ist außerdem über BioMoby mit Annotations- und Klassifizierungsdiensten verbunden. Ausführliche Informationen siehe Publikation.

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MASC | Multinational Arabidopsis Steering Committe

Das Proteomics Subcommittee des Multinational Arabidopsis Steering Committee wurde eingerichtet, um die Koordination der internationalen Forschung an Arabidopsis thaliana auf dem Gebiet der Proteomik zu erleichtern. Der Durchsatz und die Genauigkeit von Proteinidentifikationstechniken hängen stark von der Verfügbarkeit ganzer Genomsequenzen ab. Die Verfügbarkeit sowohl einer vollständigen Genomsequenz als auch einer qualitativ hochwertigen Genomannotation macht Arabidopsis zu einem idealen System für die Entwicklung neuer Proteomics-Technologien. Darüber hinaus kann die Arabidopsis-Proteomik-Forschung als Paradigma für andere Pflanzen-Proteomik-Forschungsprojekte und die Weiterentwicklung der Pflanzen-Proteomik im Allgemeinen dienen. Schließlich ermöglicht die Arabidopsis-Proteomik die Entwicklung einer einzigartigen Plattform für die Pflanzensystembiologie durch die Integration von Proteomik-Datenbanken mit bestehenden Transkriptomik- und neuartigen Metabolomik- und Bioinformatik-Initiativen.

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FEMTO

Funktionale Interpretation metabolomischer Zeitreihendaten im Zusammenhang mit metabolischen Netzwerkinformationen. (Benötigt Matlab)

Publikation:

Functional Interpretation of Metabolomic Time Series Data

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Einstieg

1. Laden Sie das ZIP-File herunter.
2. Entpacken Sie die heruntergeladene Datei in ein Verzeichnis.
3. Starten Sie Matlab, gehen sie in das Verzeichnis von FEMTO
4. tippen Sie als Command “FEMTO”

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